En 2001 se elaboró el primer plan estratégico institucional de CPILAP para la gestión 2002-2006. Una vez concluido este período de trabajo, se consideró importante elaborar un nuevo plan que se adecuara a los desafíos y necesidades de fortalecimiento de la organización, y que se constituyera en un instrumento orientador de las actividades de los dirigentes de CPILAP. En este sentido, en la reunión de la comisión departamental de los pueblos indígenas afiliados al CPILAP, que se llevó a cabo entre el 30 y 31 de agosto de 2007, se delegó al directorio de la organización la responsabilidad de elaborar el nuevo Plan Estratégico Institucional para su consideración en la Gran Asamblea de CPILAP, que se realizó en diciembre de 2007.